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配列データベースとは?



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配列データベース(はいれつデータベース、 シーケンスデータベース: sequence database)は、生物科学系の幅広い分野の研究に資するためにDNA塩基配列タンパク質アミノ酸配列など(シーケンス)の情報を格納したデータベースである。バイオインフォマティクスにおける主要な研究開発領域の一つである。

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1 データベースの形態
1.1 扱う情報の範囲
1.1.1 塩基配列データベース
2 応用
2.1 配列データベースを検索する
3 課題
3.1 大量に配列が登録され続けていることによる不整合の問題
3.2 注釈づけと実験的な裏付け
4 関連項目
4.1 データベースへの格納形式
4.2 公共の配列データベース
4.3 分散処理
5 外部リンク

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データベースの形態
扱う情報の範囲

配列データベースは、一つの種の生物から採られた配列だけを格納する方針で構築されることもあるし、配列決定されたすべての種の生物から採られた配列をすべて格納する方針が採られている場合もある。
前者の例としては、出芽酵母のすべてのタンパク質を含む配列データベースなどが挙げられる。
後者の例としては、公共の塩基配列データベースとして、日本DNAデータバンク (DDBJ) 、EMBLNCBI GenBank が構築され、公に提供されている。
配列情報そのものだけではなく、その配列を解析した機関や研究者、遺伝子の機能、染色体上の位置など様々な情報が付随しているのが普通である。
これらは分子遺伝学生物情報学はもちろん、幅広い生物科学系の研究の基盤として重要な情報となる。
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