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蛋白質構造データバンクとは?



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蛋白質構造データバンク(たんぱくしつこうぞうデータバンク、PDB; Protein Data Bank)は、蛋白質(タンパク質)と核酸の3次元構造の構造座標(立体配座)を蓄積している国際的な公共のデータベースである。
PDBに蓄積されている構造データは、X線結晶解析法NMR法(核磁気共鳴法)などによって実験的に決定されたデータである。
なお、理論的な予測(蛋白質構造予測)で推定されたデータは蓄積していない。
世界中の生物学者や生化学者たちが、PDBに構造データを登録する。
PDBに登録されたデータはパブリックドメインのもとで公開され、誰もが無償でアクセスすることができる。日本では大阪大学蛋白質研究所にその支所がある。
PDBは、生物学的構造データの中心的なデータベースである。構造生物学の研究で欠かせない情報源であり、また近年では構造ゲノミクスの研究でも重要なデータベースである。バイオインフォマティクスの研究でも、PDBに代表される3次元分子構造データベースは重要な研究対象である。
PDBから派生したデータベースとプロジェクトは非常に多く、蛋白質の構造、機能、進化のそれぞれの側面から、PDBの構造データの統合や分類を行っている。

目次


 1 歴史
 1.1 構造データの増加
 2 構造データの内容
 2.1 統計情報
 3 ファイル形式
 4 構造データを見る
 5 参考資料
 5.1 論文
 5.2 オンライン
 6 脚注
 7 外部リンク
 7.1 運営組織
 7.2 酵素データベース
 7.3 構造データの視覚化ソフトウェア
 7.4 その他
歴史

1971年に、アメリカ合衆国ブルックヘブン国立研究所がPDBを設立した。
注目の情報

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