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日本学術振興会の事業として､基礎研究分野への大幅な予算を投入することで､基礎研究分野の大幅な強化を目的として､大学間連携や専門研究者育成､研究拠点となる研究所の設立及び強化が始まる｡
東京大学の場合には､いずれのﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑの企画及び形成にも関与する｡
そして､制度化された後､内部審査を経て募集しており､採択を受けている｡
21世紀COEﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑとして､28件のﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄが採択された｡
･2002年- 生命科学
･生体ｼｸﾞﾅﾙ伝達機構の領域横断的研究- ｢個｣を理解するための基盤生命学の推進
- 戦略的基礎創薬科学
- 化学･材料科学
- 動的分子論に立脚したﾌﾛﾝﾃｨｱ基礎化学
- 化学を基盤とするﾋｭｰﾏﾝﾏﾃﾘｱﾙ創成
- 情報･電気･電子
- 情報科学技術戦略ｺｱ
- 未来社会を担うｴﾚｸﾄﾛﾆｸｽの展開
- 人文科学
- 共生のための国際哲学交流ｾﾝﾀｰ
- 生命の文化･価値をめぐる｢死生学｣の構築
- 基礎学力育成ｼｽﾃﾑの再構築
- 学際･複合･新領域
- 融合科学創成ｽﾃｰｼｮﾝ
･2003年- 医学系
- 脳神経医学の融合的研究拠点
- 環境･遺伝素因相互作用に起因する疾患研究
- ｹﾞﾉﾑ医科学の展開による先端医療開発拠点
- 数学･物理学･地球科学
- 科学技術への数学新展開拠点
- 極限量子系とその対称性
- 多圏地球ｼｽﾃﾑの進化と変動の予測可能性
- 強相関物理工学
- 機械･土木･建築･その他工学
- 機械ｼｽﾃﾑ･ｲﾉﾍﾞｰｼｮﾝ
- 都市空間の持続再生学の創出
- 社会科学
- 国家と市場の相互関係におけるｿﾌﾄﾛｰ
- 先進国における《政策ｼｽﾃﾑ》の創出
- 市場経済と非市場機構との連関研究拠点
- ものづくり経営研究ｾﾝﾀｰ
- 学際･複合･新領域
- 生物多様性･生態系再生研究拠点
- 心とことば ― 進化認知科学的展開
･2004年- 革新的な学術分野
- 言語から読み解くｹﾞﾉﾑと生命ｼｽﾃﾑ（次世代ﾊﾞｲｵｲﾝﾌｫﾏﾃｨｸｽ拠点の創成）
- 次世代ﾕﾋﾞｷﾀｽ情報社会基盤の形成
ｸﾞﾛｰﾊﾞﾙCOEﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑとして､17件のﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄが採択されている｡
･2007年- 生命科学
- 生体ｼｸﾞﾅﾙを基盤とする統合生命学
- 化学･材料科学
- 理工連携による化学ｲﾉﾍﾞｰｼｮﾝ
- 電気･電子･情報
- ｾｷｭｱﾗｲﾌ･ｴﾚｸﾄﾛﾆｸｽ
- 人文科学
- 死生学の展開と組織化
- 共生のための国際哲学教育研究ｾﾝﾀｰ (UTCP)
- 学際･複合･新領域
- 世界を先導する原子力教育研究ｲﾆｼｱﾁﾌﾞ
･2008年- 医学系
- 疾患のｹﾐｶﾙﾊﾞｲｵﾛｼﾞｰ教育研究拠点
- ｹﾞﾉﾑ情報に基づく先端医療の教育研究拠点
- 数学･物理学･地球科学
- 未来を拓く物理科学結集教育研究拠点
- 数学新展開の研究教育拠点
- 機械･土木･建築･その他工学
- 都市空間の持続再生学の展開
- 機械ｼｽﾃﾑ･ｲﾉﾍﾞｰｼｮﾝ国際拠点
- 社会科学
- 国家と市場の相互関係におけるｿﾌﾄﾛｰ
- ものづくり経営研究ｾﾝﾀｰ ｱｼﾞｱ･ﾊﾌﾞ
- 学際･複合･新領域
- 次世代型生命･医療倫理の教育研究拠点創成
- 学融合に基づく医療ｼｽﾃﾑｲﾉﾍﾞｰｼｮﾝ
･2009年- 学際･複合･新領域
- ｹﾞﾉﾑ情報ﾋﾞｯｸﾞﾊﾞﾝから読み解く生命圏
注）21世紀COEﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ､ｸﾞﾛｰﾊﾞﾙCOEﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ以外にも通常の研究教育活動が行われており､科学研究費（略:科研費）での研究が行われている｡
なお､科研費以外にも研究ﾃｰﾏによって､特別研究費･企業委託研究費･採択研究費（特定領域など）の研究費があり､これらが研究活動の源泉となっている｡
例として､GRAPEﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄは､採択研究費と企業委託研究費（委託研究員も受け入れている）からなる｡
また､寄附講座によって運営される研究室もあり､この場合には教職員は企業からの派遣によって成り立っている（研究費は企業からの持ち出しであり､税額控除対象となっているようである）｡
特別栄誉教授とは､東京大学において世界的に著しい功績を挙げた教授その他として勤務した者に対して授与される終身称号のことである｡
東京大学より称号の授与とともに栄誉手当が支給される｡2004年4月1日に｢東京大学特別栄誉教授規程｣を制定し､2005年1月1日付で初めて4人の東京大学元教授に東京大学特別栄誉教授の終身称号を授与した｡
授与者に関しては東京大学の人物一覧#特別栄誉教授授与者を参照｡
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東京農業大学
世界最大級の生物学系研究拠点（世田谷､厚木､ｵﾎｰﾂｸｷｬﾝﾊﾟｽ）
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